MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Brachyspira intermedia PWS/A plasmid pInt

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017242	TAT	2	6	18	23	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017242	CAA	2	6	125	130	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017242	TTA	2	6	144	149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017242	CAT	3	9	181	189	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017242	ATA	2	6	263	268	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017242	A	6	6	268	273	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017242	TCAAAA	2	12	361	372	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384207493
8	NC_017242	A	6	6	369	374	100 %	0 %	0 %	0 %	384207493
9	NC_017242	ATA	2	6	426	431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
10	NC_017242	GAT	2	6	440	445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207493
11	NC_017242	ACT	2	6	471	476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207493
12	NC_017242	A	6	6	480	485	100 %	0 %	0 %	0 %	384207493
13	NC_017242	AAT	2	6	509	514	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
14	NC_017242	TA	3	6	557	562	50 %	50 %	0 %	0 %	384207493
15	NC_017242	A	6	6	562	567	100 %	0 %	0 %	0 %	384207493
16	NC_017242	GT	3	6	572	577	0 %	50 %	50 %	0 %	384207493
17	NC_017242	ACT	2	6	595	600	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207493
18	NC_017242	TGT	2	6	628	633	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384207493
19	NC_017242	ATC	2	6	659	664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207493
20	NC_017242	GAAA	2	8	685	692	75 %	0 %	25 %	0 %	384207493
21	NC_017242	ATT	2	6	693	698	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207493
22	NC_017242	ATA	2	6	702	707	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
23	NC_017242	AATTAT	2	12	719	730	50 %	50 %	0 %	0 %	384207493
24	NC_017242	ATT	2	6	738	743	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207493
25	NC_017242	AAG	2	6	759	764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207493
26	NC_017242	ATG	3	9	777	785	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207493
27	NC_017242	T	6	6	786	791	0 %	100 %	0 %	0 %	384207493
28	NC_017242	ATT	2	6	843	848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207493
29	NC_017242	ATA	2	6	866	871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
30	NC_017242	A	7	7	959	965	100 %	0 %	0 %	0 %	384207493
31	NC_017242	A	6	6	1063	1068	100 %	0 %	0 %	0 %	384207493
32	NC_017242	TAA	2	6	1072	1077	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
33	NC_017242	TAA	2	6	1102	1107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
34	NC_017242	GAT	2	6	1145	1150	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207493
35	NC_017242	TTG	2	6	1175	1180	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384207493
36	NC_017242	TAA	2	6	1213	1218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
37	NC_017242	TAA	2	6	1225	1230	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
38	NC_017242	T	7	7	1243	1249	0 %	100 %	0 %	0 %	384207493
39	NC_017242	GAT	2	6	1252	1257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207493
40	NC_017242	ATA	2	6	1260	1265	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
41	NC_017242	AAC	2	6	1274	1279	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207493
42	NC_017242	CTT	2	6	1358	1363	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207493
43	NC_017242	A	6	6	1364	1369	100 %	0 %	0 %	0 %	384207493
44	NC_017242	ATTC	2	8	1377	1384	25 %	50 %	0 %	25 %	384207493
45	NC_017242	ATT	2	6	1413	1418	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207493
46	NC_017242	TTTA	2	8	1446	1453	25 %	75 %	0 %	0 %	384207493
47	NC_017242	AG	3	6	1460	1465	50 %	0 %	50 %	0 %	384207493
48	NC_017242	ATT	2	6	1543	1548	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207493
49	NC_017242	TA	3	6	1551	1556	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017242	ATG	2	6	1574	1579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017242	TA	3	6	1593	1598	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017242	AAT	2	6	1615	1620	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017242	T	7	7	1625	1631	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017242	TAG	2	6	1638	1643	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017242	TTA	2	6	1672	1677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017242	TA	3	6	1719	1724	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017242	TGT	2	6	1742	1747	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017242	TTTTA	2	10	1773	1782	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017242	T	6	6	1796	1801	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017242	T	6	6	1808	1813	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017242	ATA	2	6	1865	1870	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207494
62	NC_017242	ATC	2	6	1890	1895	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207494
63	NC_017242	T	7	7	1914	1920	0 %	100 %	0 %	0 %	384207494
64	NC_017242	GTA	2	6	1921	1926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207494
65	NC_017242	TTTGAT	2	12	1939	1950	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384207494
66	NC_017242	AT	3	6	1949	1954	50 %	50 %	0 %	0 %	384207494
67	NC_017242	GTTT	2	8	1968	1975	0 %	75 %	25 %	0 %	384207494
68	NC_017242	TA	3	6	1983	1988	50 %	50 %	0 %	0 %	384207494
69	NC_017242	TA	3	6	1993	1998	50 %	50 %	0 %	0 %	384207494
70	NC_017242	A	8	8	2011	2018	100 %	0 %	0 %	0 %	384207494
71	NC_017242	A	6	6	2020	2025	100 %	0 %	0 %	0 %	384207494
72	NC_017242	ATT	2	6	2073	2078	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207494
73	NC_017242	AGT	2	6	2089	2094	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207494
74	NC_017242	ATTA	2	8	2118	2125	50 %	50 %	0 %	0 %	384207494
75	NC_017242	TAATT	2	10	2130	2139	40 %	60 %	0 %	0 %	384207494
76	NC_017242	TAC	2	6	2142	2147	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207494
77	NC_017242	GAC	2	6	2167	2172	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384207494
78	NC_017242	AT	3	6	2179	2184	50 %	50 %	0 %	0 %	384207494
79	NC_017242	TAA	2	6	2187	2192	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207494
80	NC_017242	TAA	2	6	2226	2231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207494
81	NC_017242	T	7	7	2251	2257	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017242	A	6	6	2273	2278	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017242	TAT	2	6	2298	2303	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017242	TAT	2	6	2316	2321	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017242	CATATA	2	12	2327	2338	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017242	TATT	2	8	2359	2366	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017242	T	6	6	2365	2370	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017242	TA	5	10	2373	2382	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017242	ATT	2	6	2423	2428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017242	ATT	2	6	2434	2439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017242	A	6	6	2452	2457	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017242	TTA	2	6	2458	2463	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017242	ATA	2	6	2464	2469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017242	AT	4	8	2472	2479	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017242	TATAA	2	10	2488	2497	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017242	TAA	2	6	2502	2507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017242	A	7	7	2514	2520	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017242	AG	5	10	2526	2535	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017242	ATATT	2	10	2537	2546	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017242	T	8	8	2557	2564	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017242	TTAT	2	8	2582	2589	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017242	AAT	2	6	2619	2624	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207495
103	NC_017242	T	6	6	2688	2693	0 %	100 %	0 %	0 %	384207495
104	NC_017242	T	6	6	2731	2736	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017242	T	7	7	2775	2781	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017242	TA	3	6	2808	2813	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017242	ATAG	2	8	2846	2853	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017242	ATT	2	6	2861	2866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017242	GATT	2	8	2885	2892	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017242	A	6	6	3036	3041	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017242	TAT	2	6	3106	3111	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017242	CAG	2	6	3122	3127	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017242	ATTT	2	8	3136	3143	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017242	T	6	6	3141	3146	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.